12/6 図を分割する
さて、昨日は箱ひげ図を用いて色の調整方法を紹介しました。今日はカテゴリーごとに図を分割する方法を紹介します。 縦長データと横長データ データの形状には横長と縦長の二種類が存在し、特にggplotでは縦長データが重宝されま … 続きを読む
東京大学大学院 農学生命科学研究科 水圏生物科学専攻
さて、昨日は箱ひげ図を用いて色の調整方法を紹介しました。今日はカテゴリーごとに図を分割する方法を紹介します。 縦長データと横長データ データの形状には横長と縦長の二種類が存在し、特にggplotでは縦長データが重宝されま … 続きを読む
前回はPlatanus1の結果だったけど、duploidのゲノムをアリルごとに区別してアセンブルしてくれるというPlatanus-alleleの結果を見てみると・・・ Platanus1の結果はどんなのだったかというと … 続きを読む
フレンチのメニューみたいなタイトルになってしまった。今回は昨日の箱ひげ図に色を加えて華やかにしてみます。サイエンスとして本質的かと聞かれると、まあただの道楽ですね デフォルトのカラーリング 箱ひげ図の色付けとしては枠線と … 続きを読む
こんにちは。今日は箱ひげ図です。細かい図の調整や保存方法についても紹介します。ガンガンいきましょう 箱ひげ図 箱ひげ図とは、カテゴリーごとにデータを並べてプロットする手法です。棒グラフでいいじゃんと思うかもしれませんが、 … 続きを読む
今日は散布図のプロットを用いて、図の細かい所の調整方法を紹介します。 前回はirisのデータセットを用いてがく長・幅の種間でのばらつきをプロットしましたが、これでは花弁長・幅のデータが加味できていません。そこで今回は主成 … 続きを読む
はじめに 論文とかで図を描くとき、まあExcelが手っ取り早いんだけど、再現性とか見やすさとかいじりやすさとか考えるとpythonなりRなりで描くほうがよくて、その備忘録です。今回はRのggplot2を使ってどこまででき … 続きを読む
Illuminaのアセンブラとして、最近使っているのはCLC, SPAdes, platanus, MEGAHIT。velvetやSOAPdenovoはk-merのパラメータを振ってみないといけないけど、これらのツールは … 続きを読む
canuのオプションでuseGrid=0としてグリッドエンジンを使わずに動かすのは簡単だけど、それだと時間がかかるので、グリッドエンジンを使って分散アセンブルをしたい場合。 スパコンで引っかかるのは、JAVAのメモリ指定 … 続きを読む
2019年10月16日~11月1日の水・木曜日の9日間で、東京大学農学部 水圏生物科学専攻の学部3年生を対象にナノポアシーケンサーを用いた学生実習を行いました。 実習内容としては、三四郎池、不忍池から池の水を汲んできて、 … 続きを読む