yoshitake

　2017年より当研究室で助教として勤務して参りました吉武です。私は４月から他の大学に講師として異動します。当研究室の在校生向けのメッセージを残したいと思い、ここに執筆させていただきました。　私が当研究室に来たのは7年前 … 続きを読む

１年以上前にインストールしようとしたときはバグっぽい挙動で挫折した気がするけど、今度は比較的すんなり上手くいった。マッピング結果などを見るのがAccessで、マッピングやスキャッフォールディングを行うのがSolve。 B … 続きを読む

WindowsでGPU版のguppyを動かそうとして、まだ動かせていないけど、(管理者権限でパワーシェルを実行しておいて、その中でguppy_basecaller.exeを実行したら動いた。Windows用のNvidia … 続きを読む

日時：令和5年3月31日（金）13:30～16:10 場所：ハイブリッド開催 対面：東京海洋大学品川キャンパス講義棟 32番講義室（日本水産学会春季大会第4会場） Zoom：参加登録いただいた方にはZoomアドレスをお知 … 続きを読む

WindowsやMacから遺伝研のスパコンにお手軽にNGS解析ジョブを投げるツールとしてPortablePipelineを開発しました。当研究室で使用頻度の高い解析パイプラインが実行できます。解析サーバとしてはpytho … 続きを読む

核酸研究会（旧アクアゲノム研究会）研究ミーティングの開催について 日時：令和４年3月29日 15時〜17時20分場所：Zoom開催 時下いよいよご清栄のこととお慶び申し上げます この度、核酸研究会を発足し、そのスタートア … 続きを読む

docker pullでダウンロードしている途中で docker: failed to register layer: ApplyLayer exit status 1 stdout: stderr: write &#8 … 続きを読む

最新のdockerとかをCentOS7にインストールして、AlphaFoldを実行しようとしたら下記のようなエラーで止まってしまった。 Bad Request (“Unknown runtime specified nv … 続きを読む

Bionano Accessをセットアップして、ログインしようとしたとき、ID: bionanoadmin, pass: adminがデフォルトで設定されているけど、これを3回間違ってしまうと「Account is lo … 続きを読む

今回はHISAT2について調べてみる。HISAT2は最もよく使われるRNA-seqのマッピングツールなのではないかと思う。 インデックスの作成は、 のようにすれば良いのだけど、ちゃんとしたインデックスを作るために、 &# … 続きを読む