yoshitake – ページ 2 – 水圏生物工学研究室

STARの2-pass mappingについて

2020年1月17日 by yoshitake

GATK ver3時代にRNA-seqのデータからSNPをコールする際にSTARの2-passを使っていたときは、インデックスを2回作らないといけなかったのだけど、今マニュアルを見ていたら2.4.1a以降はマッピング時の … 続きを読む

2020年1月17日 by yoshitake

いろんなマッピングツールがあって、バイオインフォやれば誰でも一つはマッピングツールを使うはず。私がマッピングツールを使う際に気にする点を列挙すると、スプライスジャンクションを考慮するタイプかどうか　(for genom … 続きを読む

2019年12月9日 by yoshitake

ブックマークレットやUserScriptってご存知でしょうか。利用者が書いたJavaScriptでWEBサイトをカスタマイズできてしまうあれです。今回は、下記のMaserのプロジェクトページをアレンジするスクリプトの紹 … 続きを読む

2019年12月9日 by yoshitake

私がバイオインフォの分野に入ったときにお世話になったプロジェクトで、今でも続いているのですが、どこにも日本語で紹介ページが無いようなので、今更ながら作ってみようかなと思いました。どんな感じか、まずはスクリーンショットで … 続きを読む

2019年12月6日2019年12月5日 by yoshitake

前回はPlatanus1の結果だったけど、duploidのゲノムをアリルごとに区別してアセンブルしてくれるというPlatanus-alleleの結果を見てみると・・・ Platanus1の結果はどんなのだったかというと … 続きを読む

2019年12月6日2019年12月1日 by yoshitake

Illuminaのアセンブラとして、最近使っているのはCLC, SPAdes, platanus, MEGAHIT。velvetやSOAPdenovoはk-merのパラメータを振ってみないといけないけど、これらのツールは … 続きを読む

2019年11月28日2019年11月19日 by yoshitake

canuのオプションでuseGrid=0としてグリッドエンジンを使わずに動かすのは簡単だけど、それだと時間がかかるので、グリッドエンジンを使って分散アセンブルをしたい場合。スパコンで引っかかるのは、JAVAのメモリ指定 … 続きを読む

2019年11月28日2019年11月8日 by yoshitake

2019年10月16日～11月1日の水・木曜日の9日間で、東京大学農学部水圏生物科学専攻の学部3年生を対象にナノポアシーケンサーを用いた学生実習を行いました。実習内容としては、三四郎池、不忍池から池の水を汲んできて、 … 続きを読む

2019年11月28日2019年10月30日 by yoshitake

本日の概要先週の実験で、三四郎池、不忍池の水からDNAを抽出し、12S rRNAの全長(1,000 bp程度)、もしくは12S rRNAのMiFishプライマー領域(160-190 bp)をPCR増幅しました … 続きを読む

2019年11月9日2019年7月22日 by yoshitake

Windows 1．Windows Subsystem for Linux (WSL)をインストールする。 Windows10のバージョンが、1803 (2018年春), 1809 (2018年秋), 1903 (201 … 続きを読む