Rで高効率なコードを書く

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RやPythonは遅いと言われますが、コーディングの初心者にとっては言語自体の特性よりも書いたコードの非効率性の方が問題になることが多いです。今回は系統樹を探索するコードを例に、R言語を用いてどのように効率の良いプログラ … 続きを読む

HISAT2の挙動調査

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今回はHISAT2について調べてみる。HISAT2は最もよく使われるRNA-seqのマッピングツールなのではないかと思う。 インデックスの作成は、 のようにすれば良いのだけど、ちゃんとしたインデックスを作るために、 &# … 続きを読む

STARの挙動調査

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いろんなマッピングツールがあって、バイオインフォやれば誰でも一つはマッピングツールを使うはず。私がマッピングツールを使う際に気にする点を列挙すると、 スプライスジャンクションを考慮するタイプかどうか　(for genom … 続きを読む

12/9 円グラフ

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前回の積み上げ棒グラフのデータを今度は円グラフにしてみます。まずは1949年のデータのみプロットしてみましょう。スクリプトはほとんど積み上げグラフと同じもので、積み上げグラフを極座標に変換することで円グラフになります。 … 続きを読む