最新のdockerとかをCentOS7にインストールして、AlphaFoldを実行しようとしたら下記のようなエラーで止まってしまった。
Bad Request ("Unknown runtime specified nvidia")
どうやらPythonのdockerライブラリは古いnvidia toolkitを想定しているようで、最近のには対応していない?(参考:https://github.com/docker/docker-py/issues/2395 )
上記ページに対策が載っていたので、そのとおりにdocker/run_docker.pyを編集するとAlphaFoldを実行できた。
# runtime='nvidia' if FLAGS.use_gpu else None,
runtime=None,
device_requests=[
docker.types.DeviceRequest(count=-1, capabilities=[['gpu']])
],