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今回はHISAT2について調べてみる。HISAT2は最もよく使われるRNA-seqのマッピングツールなのではないかと思う。 インデックスの作成は、 のようにすれば良いのだけど、ちゃんとしたインデックスを作るために、 &# … 続きを読む

GATK ver3時代にRNA-seqのデータからSNPをコールする際にSTARの2-passを使っていたときは、インデックスを2回作らないといけなかったのだけど、今マニュアルを見ていたら2.4.1a以降はマッピング時の … 続きを読む

いろんなマッピングツールがあって、バイオインフォやれば誰でも一つはマッピングツールを使うはず。私がマッピングツールを使う際に気にする点を列挙すると、 スプライスジャンクションを考慮するタイプかどうか　(for genom … 続きを読む