**文書の過去の版を表示しています。**
anaconda install
[kijima.yusuke@m48 work]$ pwd /home/kijima.yusuke/work [kijima.yusuke@m48 work]$ cd work/tool/download/ [kijima.yusuke@m48 work]$ wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh [kijima.yusuke@m48 work]$ chmod +x Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh [kijima.yusuke@m48 work]$ ./Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh [kijima.yusuke@m48 download]$ ./Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh Welcome to Anaconda3 2019.10 In order to continue the installation process, please review the license agreement. Please, press ENTER to continue >>> =================================== Anaconda End User License Agreement =================================== Copyright 2015, Anaconda, Inc. All rights reserved under the 3-clause BSD License: ... Do you accept the license terms? [yes|no] [no] >>> yes Anaconda3 will now be installed into this location: /home/kijima.yusuke/anaconda3 - Press ENTER to confirm the location - Press CTRL-C to abort the installation - Or specify a different location below [/home/kijima.yusuke/anaconda3] >>> /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3 PREFIX=/home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3 Unpacking payload ... ... Thank you for installing Anaconda3!
一回サーバーから抜ける or bashrcを読み込むことでanaconda環境が完成。ユーザー名の左に(base)の文字が追加される。
(base) [kijima.yusuke@m48 ~]$
anaconda python3環境の作成
一応環境を隔離しておく。
(base) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda create -n anac_py37 python=3.7 anaconda
終わったら環境を起こす。
(base) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda activate anac_py37 (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ #baseからanac_py37に環境が変わった
各種ツールインストール
テキスト通り。
#trimmomatic (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda trimmomatic #fastqc (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda fastqc #STAR (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda star #RSEM (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda rsem (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ rsem-calculate-expression --version Current version: RSEM v1.3.1
テキストとは異なり、現在はconda経由でRSEM v1.3(最新)が落とせっるぽい。ばんざい </code>
IGVのインストール
conda installでIGVの最新版が落とせないか一応調べる。
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda search -c bioconda igv Loading channels: done # Name Version Build Channel igv 2.3.98 0 bioconda igv 2.4.6 0 bioconda igv 2.4.9 0 bioconda igv 2.4.9 1 bioconda igv 2.4.16 0 bioconda igv 2.4.17 0 bioconda igv 2.5.2 0 bioconda
最新版の2.6.1はbiocondaにはないっぽい。テキスト通りバイナリを落とす。
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ mkdir rnaseq-training (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ cd rnaseq-training (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir tool (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cd tool (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ wget https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.7/IGV_Linux_2.7.2.zip (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ unzip IGV_Linux_2.7.2.zip
最新が今(2019/12/9)は2.7.2みたいなのでそれを落とした。
リファレンスのダウンロード
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ cd ~/work/rnaseq-training (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human/ref #Genome (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ wget -P ~/work/rnaseq-training/human/ref/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/GRCh38.primary_assembly.genome.fa.gz #Annotation (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ wget -P ~/work/rnaseq-training/human/ref/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/gencode.v32.annotation.gtf.gz
シーケンスデータのダウンロード
URLのリストを作成。ここはテキストにないので好きにすると良い。逐次ダウンロードでも可。
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in $(seq 1 6); do for j in $(seq 1 2); do echo "ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/00${i}/SRR718955${i}/SRR718955${i}_${j}.fastq.gz" ;done; done > ~/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list_forDownload.txt
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cat ~/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list_forDownload.txt
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/001/SRR7189551/SRR7189551_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/001/SRR7189551/SRR7189551_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/002/SRR7189552/SRR7189552_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/002/SRR7189552/SRR7189552_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/003/SRR7189553/SRR7189553_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/003/SRR7189553/SRR7189553_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/004/SRR7189554/SRR7189554_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/004/SRR7189554/SRR7189554_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/005/SRR7189555/SRR7189555_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/005/SRR7189555/SRR7189555_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/006/SRR7189556/SRR7189556_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/006/SRR7189556/SRR7189556_2.fastq.gz
wgetでダウンロード。アクセス切れたら中断されてしまうのでscreen使うなりリモートデスクトップにつなぐなりする。回線に絶対の自信があるなら何も考えなくても良い。それからforループで外部に連続的にアクセスするのはあまりよろしくないのでsleepを挟む。
(base) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in $(cat ~/files/m48/kijima.yusuke/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list_forDownload.txt); do wget -P ~/files/m48/kijima.yusuke/work/rnaseq-training/human/data/fastq/ $i; sleep 10; done
後々のためアクセッションIDのリストを作成。
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human/data
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in SRR718955{1..6}; do echo $i; done > ~/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list.txt
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cat human/data/SRR_Acc_list.txt
SRR7189551
SRR7189552
SRR7189553
SRR7189554
SRR7189555
SRR7189556
Trimmomaticでアダプター除去+クオリティフィルタリング
テキスト通りanaconda3/share/trimmomaticからアダプター配列を取ってきたいが、このフォルダがなさそうなので探す。
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ find /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/ -name *trimmomatic* /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/envs/anac_py37/share/trimmomatic /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/envs/anac_py37/share/trimmomatic-0.39-1 /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/envs/anac_py37/share/trimmomatic-0.39-1/trimmomatic.jar /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/envs/anac_py37/share/trimmomatic-0.39-1/trimmomatic /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/envs/anac_py37/conda-meta/trimmomatic-0.39-1.json /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/envs/anac_py37/bin/trimmomatic /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1.tar.bz2 /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1 /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/share/trimmomatic /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/share/trimmomatic-0.39-1 /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/share/trimmomatic-0.39-1/trimmomatic.jar /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/share/trimmomatic-0.39-1/trimmomatic /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/info/recipe/0.32/trimmomatic.sh /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/info/recipe/0.33/trimmomatic.sh /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/info/recipe/trimmomatic.py /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/info/recipe/0.35/trimmomatic.sh /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/bin/trimmomatic
/home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/share/の中に入っているようだったので、ここのアダプター配列にリンクを貼る。
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ ln -s /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-1/share/trimmomatic-0.39-1/adapters/TruSeq3-PE-2.fa human/data/ (anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ ls human/data/ SRR_Acc_list.txt SRR_Acc_list_forDownload.txt TruSeq3-PE-2.fa fastq