star_rsem [講義ノート]

[kijima.yusuke@m48 work]$ pwd
/home/kijima.yusuke/work
[kijima.yusuke@m48 work]$ cd work/tool/download/
[kijima.yusuke@m48 work]$ wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
[kijima.yusuke@m48 work]$ chmod +x Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
[kijima.yusuke@m48 work]$ ./Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
[kijima.yusuke@m48 download]$ ./Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh

Welcome to Anaconda3 2019.10

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
===================================
Anaconda End User License Agreement
===================================

Copyright 2015, Anaconda, Inc.

All rights reserved under the 3-clause BSD License:
...

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes

Anaconda3 will now be installed into this location:
/home/kijima.yusuke/anaconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/home/kijima.yusuke/anaconda3] >>> /home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3
PREFIX=/home/kijima.yusuke/work/tool/anaconda3
Unpacking payload ...
...
Thank you for installing Anaconda3!

一回サーバーから抜ける or bashrcを読み込むことでanaconda環境が完成。ユーザー名の左に(base)の文字が追加される。

(base) [kijima.yusuke@m48 ~]$

一応環境を隔離しておく。

(base) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda create -n anac_py37 python=3.7 anaconda

終わったら環境を起こす。

(base) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda activate anac_py37
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ #baseからanac_py37に環境が変わった

テキスト通り。

#trimmomatic
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda trimmomatic

#fastqc
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda fastqc

#STAR
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda star

#RSEM
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda install -c bioconda rsem

(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ rsem-calculate-expression --version
Current version: RSEM v1.3.1

テキストとは異なり、現在はconda経由でRSEM v1.3(最新)が落とせっるぽい。ばんざい </code>

conda installでIGVの最新版が落とせないか一応調べる。

(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ conda search -c bioconda igv
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel
igv                           2.3.98               0  bioconda
igv                            2.4.6               0  bioconda
igv                            2.4.9               0  bioconda
igv                            2.4.9               1  bioconda
igv                           2.4.16               0  bioconda
igv                           2.4.17               0  bioconda
igv                            2.5.2               0  bioconda

最新版の2.6.1はbiocondaにはないっぽい。テキスト通りバイナリを落とす。

(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ mkdir rnaseq-training
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 work]$ cd rnaseq-training
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir tool
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cd tool
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ wget https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.7/IGV_Linux_2.7.2.zip
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ unzip IGV_Linux_2.7.2.zip

最新が今(2019/12/9)は2.7.2みたいなのでそれを落とした。

(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 tool]$ cd ~/work/rnaseq-training
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human/ref

#Genome
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ wget -P ~/work/rnaseq-training/human/ref/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/GRCh38.primary_assembly.genome.fa.gz

#Annotation
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ wget -P ~/work/rnaseq-training/human/ref/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_32/gencode.v32.annotation.gtf.gz

URLのリストを作成。ここはテキストにないので好きにすると良い。逐次ダウンロードでも可。

(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in $(seq 1 6); do for j in $(seq 1 2); do echo "ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/00${i}/SRR718955${i}/SRR7189551_${j}.fastq.gz" ;done; done > ~/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list_forDownload.txt
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cat ~/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list_forDownload.txt
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/001/SRR7189551/SRR7189551_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/001/SRR7189551/SRR7189551_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/002/SRR7189552/SRR7189551_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/002/SRR7189552/SRR7189551_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/003/SRR7189553/SRR7189551_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/003/SRR7189553/SRR7189551_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/004/SRR7189554/SRR7189551_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/004/SRR7189554/SRR7189551_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/005/SRR7189555/SRR7189551_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/005/SRR7189555/SRR7189551_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/006/SRR7189556/SRR7189551_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR718/006/SRR7189556/SRR7189551_2.fastq.gz

wgetでダウンロード。アクセス切れたら中断されてしまうのでscreen使うなりリモートデスクトップにつなぐなりする。回線に絶対の自信があるなら何も考えなくても良い。それからforループで外部に連続的にアクセスするのはあまりよろしくないのでsleepを挟む。

(base) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in $(cat ~/files/m48/kijima.yusuke/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list_forDownload.txt); do wget -P ~/files/m48/kijima.yusuke/work/rnaseq-training/human/data/fastq/ $i; sleep 10;  done

後々のためアクセッションIDのリストを作成。

(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ mkdir human/data
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ for i in SRR718955{1..6}; do echo $i; done > ~/work/rnaseq-training/human/data/SRR_Acc_list.txt
(anac_py37) [kijima.yusuke@m48 rnaseq-training]$ cat human/data/SRR_Acc_list.txt
SRR7189551
SRR7189552
SRR7189553
SRR7189554
SRR7189555
SRR7189556