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ラボ内blastサーバ設置方法
- 設置サーバ：m208
- アカウント：user1
- DBの場所：
/suikou/files/m208/user1/work/Local_Blast_Server/ - 起動コマンド：
podman start beautiful_grothendieck
具体的には下記の手順でuser1で自動実行に登録されていると思われる。
#user1@m208 podman run -it -p 3000:3000 -p 4567:4567 --name beautiful_grothendieck -v /data/user1/work/Local_Blast_Server/local_blast_server3/db:/db -e seqserver_url=http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp:4567/ local_blast_server:latest podman generate systemd --files --name beautiful_grothendieck cp container-beautiful_grothendieck.service ~/.config/systemd/user/ systemctl --user enable --now container-beautiful_grothendieck.service
docker imageはc2997108/local_blast_server:1としてdockerhubに登録しました。
汎用的な設置方法
Local Blast Serverのデータベースを配置したい場所に移動する
cd /path/to/directory
Local Blast Serverをgit clone＆ビルド。
git clone --recursive https://github.com/hmizobata/local_blast_server3.git cd local_blast_server3 podman build -t local_blast_server .
移行データがあれば、db/dbnucl,db/dbprotにそれぞれコピーする。例えば以下のように。
scp mizobata.hideaki@m768.s:/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_nucleotide/* db/db_nucl/ scp mizobata.hideaki@m768.s:/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_protein/* db/db_prot/
コンテナの起動
podman run -it -p ${localblastserverに使いたいポート番号}:3000 -p ${sequenceserverに使いたいポート番号}:4567 -v ${PWD}/db:/db -e seqserver_url=${sequenceserverのurl} local_blast_server:latest
例えば以下のような感じ。
podman run -it -p 3000:3000 -p 4567:4567 -v ${PWD}/db:/db -e seqserver_url=http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp:4567/ local_blast_server:latest
※runするとTerminalのそのタブはコマンドを打てなくなるので、ほかのタブで再度サーバーに接続する。
起動中のコンテナの名前を確認
podman ps CONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES abbebb63ee2d localhost/local_blast_server:latest bash -c bash /loc... About a minute ago Up About a minute 0.0.0.0:3000->3000/tcp, 0.0.0.0:4567->4567/tcp beautiful_grothendieck
自動起動ファイルの作成。先ほど確認したコンテナ名を使う。
podman generate systemd --files --name beautiful_grothendieck cp container-beautiful_grothendieck.service ~/.config/systemd/user/ systemctl --user enable --now container-beautiful_grothendieck.service