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vsearchを用いた検索
DBファイルのダウンロード
scp mizobata.hideaki@m768c.s:/suikou/db/ncbi/2021-12-01_SSU_LSU_ITS_mito_plastid/SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa .
DBファイルのmakeudb
time vsearch -makeudb_usearch SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa -output conbined.udb real time: 1:41.38 (101.38 s) system time: 2.17 s user time:98.97 s max memory: 1381728 KB
vsearchによるグローバル検索
time vsearch --usearch_global 2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fasta --db conbined.udb --id 0.7 --blast6out group4-16S-conbined
Megan用に、拡張子等を書き換える
awk -F'\t' '{OFS="\t"; $12=$3; print $0}' group4-16S-conbined > group4-16S-conbined.blastn
仮想サーバからログアウト
exit
先ほどのファイルをローカルサーバに持ってくる
scp -r mizobata@192.168.251.65:/home/mizobata/vsearch/group4-16S-conbined.blastn .
bwaのインストール
bwa用フォルダの作成
mkdir analysis
bwaのダウンロード
wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2
ファイルの解凍
bunzip2 bwa-0.7.17.tar.bz2 tar xvf bwa-0.7.17.tar
フォルダの移動
cd bwa-0.7.17/
zlib-develのインストール
sudo yum install zlib-devel
make
make