de novo RNA-seqについて

Trinityでトランスクリプトームアセンブル https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
kallistoでマッピングおよび発現量定量 https://pachterlab.github.io/kallisto/
Trinotateでアノテーション (Uniprotへのblastx, GOアノテーション、シグナルペプチド予測、膜タンパク質予測、rRNA予測) http://trinotate.github.io/
blastnでNCBI NTデータベースを検索してアノテーション
DESeq2による二群間比較検定 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html

サーバにログインする。データ量にも依るがメモリ90GB以上のサーバを選ぶほうが無難。windowsから, macから
「work」フォルダ以下に適当なフォルダを作り(例：mkdir ~/work/test-denovo)、その中にIlluminaペアエンドシーケンスファイルを置く(gz圧縮されたFASTQファイルであること)。
次のファイルと同じファイル名のタブ区切りテキストファイルを作成する。内容は、フォワード側のシーケンスファイル名を列挙し、各ファイルの条件をタブ区切りで記入する。(linuxでのテキストファイル編集はgeditを使うと楽かも) sample.txt
ターミナルを開いて、ファイルを置いたフォルダに移動する(例：cd ~/work/test-denovo)。
IlluminaのTruSeq stranded sample prep kitsでサンプル調整した場合は、次のコマンドを入力する。 script-RNAseq-denovo-strandspecific-pairedend.sh RF もしもSRAなどのデータを使うとき、strand specificかわからない場合は、単に script-RNAseq-denovo-strandspecific-pairedend.sh でよい。
数週間待つと次のような結果ファイルが得られる。 0_index.html

FASTQCを実行したい場合は、ファイルを入れたフォルダに移動して、run-multi-fastqc.shを実行すれば、次のような結果ファイルが得られる。 index.html
アセンブルしたコンティグのN50などを計算したい場合は、abyss-fac Trinity.fastaを実行する。

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