Linux入門 2023

\\share.s\shared\Book\できるPro CentOS7サーバ.pdf

82ページまで。

https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=centos7test%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%82%BB%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%972023

83-114ページ。

本に書いていないけど、関連する内容で良く使うコマンド

ls -lhtr #今いるディレクトリの中のファイルを古い順から詳細を表示する
cp -r A B #ディレクトリAをBという名前（もしくはBという既存のディレクトリの中にAという名前）でコピーする
tar vxf XXX.tar.gz #gzip、bzip2、xz圧縮なのかは自動で判断して解凍してくれる
more XXX.txt #テキストファイルの内容を確認する
nano XXX.txt #テキストファイルを編集する

ファイル名などは「Tab」キーで補完するほうが間違えないので確認のためにも「Tab」を押すのがオススメ

https://forms.gle/k7FYpEFjyx8Z3Xti6

115-154、197-205ページ。主に115-123、146-154ページ。

適当なユーザ(例：user1)を一つ追加して、そのユーザのホームフォルダー(例：/home/user1)の中にあるファイルを表示するにはどうすれば良いか考えてみる。

#HTTPサーバ(Apache)のインストール
sudo yum install httpd

#HTTPサーバの起動とOS起動時にHTTPサーバを自動起動するように登録
sudo systemctl enable --now httpd

#ファイアーウォールを停止させる
sudo systemctl disable --now firewalld

#自分のIPアドレスを確認する
ip a

https://forms.gle/QTFZ4wTYtPnB78CQ6

155-174ページ。

7-61ページ。

補足: Ctrl + Sを間違って押して画面が固まったらCtrl + Qを押すとロックが解除される。

https://forms.gle/J7VV99ttnr9gj2Ga9

62-116ページ。

https://forms.gle/vAcURAwGzYjt7b3T8

117-185ページ。

https://forms.gle/2bopNrfkRy3uLWHa7

186-253ページ。

https://forms.gle/wvL2hhtFCXzcFzDg7

254-302ページ。

https://forms.gle/UMz2nVQo1so2EToB8

303-335ページ。

https://forms.gle/jiqJBcVBJ3QG86Qc8

336-347ページ。

https://forms.gle/o9S19ByktcnfPrdKA

348-363ページ。

WEBブラウザでRを実行してみる。試しに房総半島沖の魚類の種間相互作用ネットワークらしきものを描いてみる。

研究室のサーバ一覧：https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=web

今回使用するデータの論文：https://elifesciences.org/reviewed-preprints/85795#s2

cd work
git clone https://github.com/ong8181/eDNA-BosoFish-network.git

右下の「Files」のタブでworkフォルダの中の「eDNA-BosoFish-network」に移動して、「More」→「Set As Working Directory」としてRのConsoleの作業ディレクトリを移動しておく。(setwd("~/work/eDNA-BosoFish-network/")が実行される。)

# 必要なパッケージのインストールと読み込み
install.packages("igraph")
install.packages("Hmisc")
library(igraph)
library(Hmisc)

# 相関行列の計算（ここではSpearman相関を使用）、テストで先頭20種だけを使ってみる
asv_df <- read.csv("data/asv_table.csv", row.names = 1)
cor_matrix <- rcorr(as.matrix(asv_df[,1:20]), type = "spearman")

# 相関が0.6以上のみを対象とする（これは任意の閾値で、データによります）
adj_matrix <- ifelse(abs(cor_matrix$r) >= 0.6, 1, 0)

# igraphオブジェクトの作成
g <- graph_from_adjacency_matrix(adj_matrix, mode="undirected")

# ネットワークのプロット
plot(g)

https://forms.gle/W3KfoZuUdXBFaHLE9