1. 水圈生物基因體的構成與解析．技術開發，高精度的基因圖譜的做成
2. 水圈生物有用形質的連鎖解析．相關解析與選拔育種
3. 魚類非編碼RNA的機能解析
4. 海豚類的特徴基因的比較基因組解析
5. 水圈生物分子生物技術的開發
6. 魚類等的行動學研究(預定)
7. 蛋白質的構造與機能關聯
水圈生物基因體的構成與解析．技術開發，高精度的基因圖譜的做成
進行中：虎河豚．虹鱒．好高熱性細菌．海豚
預定：各種河豚．章魚．蝦．珍珠貝．鰻魚．比目魚．真鯛．呉郭魚．鱒魚．各種浮游生物
①各種BAC/Fosmid Library的製作
②基因定序資料的高精度演算法開發
水圈生物有用形質的連鎖解析．相關解析與選拔育種
①虹鱒的高温耐性基因的探索與育種
②河豚高成長關聯基因的探索與育種
③各種魚貝類的性別決定基因的探索
魚類非編碼RNA的機能解析
①利用次世代高通量定序進行青鱒．河豚的小分子RNA轉録組分析
②魚類小分子RNA的機能解析
③影響發生與成長的小分子RNA的機能解析
海豚類的特徴基因的比較基因組解析
①味覺關聯基因的構造解析
②毛髮關聯基因的構造解析
③具有腹鰭的海豚的腹鰭形成原因基因的探索
水圈生物分子生物技術的開發
①為各種實驗系所建立的水圈生物單核發生個體的製作
②有關高成長養殖技術的基礎研究
③水産魚種Myostatin基因KnockOut個體等的試做
魚類等的行動學研究(預定)
①記憶、學習、情報傳達等的相關研究
蛋白質的構造與機能關聯
①變異個體的製作與安定性解析
②分子建構模擬