wget https://github.com/torognes/vsearch/archive/v.2.18.0.tar.gz
tar xzf v2.18.0.tar.gz
cd vsearch-2.18.0
./autogen.sh
./configure CFLAGS="-O3" CXXFLAGS="-O3"
make
sudo make install

vsearchDBの作成(=makeblastdb)

vsearch -makeudb_usearch db.fasta -output db.udb

本検索

vsearch --usearch_global input.fasta --db db.fasta(or db.udb) --id [配列一致率] --alnout [出力ファイル名]

オプション

1. –blastout6 filename　：blastnで言うoutfmt 6によるファイル出力。
2. –db filename ：データベースの指定。
3. –id real ：配列一致率による絞り込み。
4. –maxaccepts positive integer ：同一クエリに対するヒット結果の出力数上限。デフォルトで1。
5. –maxrejects positive integer ：maxacceptsとセットで使い、ヒット数の出力数指定。
6. –