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環境構築
Windowsの人
1. ターミナルを開いてwsl –install
2.Homebrew for Linuxのインストール
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく (echo; echo 'eval "$(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)"') >> /home/yoshitake/.bashrc eval "$(/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew shellenv)" #brew用にツールをインストール(Ubuntuの場合) sudo apt update sudo apt install build-essential brew install gcc
3.condaのインストール
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #最後にPATHに追加するかと聞かれるのでyesにしておく
4.Docker (ではなくてPodman)のインストール
brew install podman #この状態でpodman pull alpineしてもError: command required for rootless mode with multiple IDs: exec: "newuidmap": executable file not found in $PATHと出るので、下記のツールをインストールしておく sudo apt install uidmap #動作確認用コマンド podman run -it --rm alpine uname -a #Linux b9041c6983fd 5.15.90.1-microsoft-standard-WSL2 #1 SMP Fri Jan 27 02:56:13 UTC 2023 x86_64 Linux
Mac (intel)の人
1.Homebrew for Macのインストール
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/suikou/.zprofile eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"
2.condaのインストール
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
3.Docker (ではなくてPodman)のインストール
brew install podman #podmanの仮想マシンをダウンロード podman machine init #podmanの仮想マシンをスタート(OS再起動時は毎回行う) podman machine start
Mac (M1以降)の人 (2020年後半以降のMac)
1.Homebrew for Macのインストール
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" #PATHへbrewコマンドを追加 #環境によって変わるのでbrewをインストールしたときに最後に出てくるメッセージをちゃんと読んでおく #Homebrewはarm版も充実しているのでそのままインストールして問題なさそう (echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/suikou/.zprofile eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"
2.condaのインストール
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh arch -x86_64 /bin/bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh #x86_64でインストールするのが大事。armでインストールしてしまうと、condaにはほとんどパッケージがない
3.Docker (ではなくてPodman)のインストール
brew install podman #podmanの仮想マシンをダウンロード podman machine init #podmanの仮想マシンをスタート(OS再起動時は毎回行う) podman machine start #動作確認用コマンド podman run -it --rm alpine uname -a #Linux 83d8b1007fde 6.5.6-200.fc38.aarch64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Fri Oct 6 19:34:05 UTC 2023 aarch64 Linux
ツールのインストール
基本的には
brew install sratoolkit
や
conda install sra-tools
で良いけど、condaでツールをインストールしすぎるとツールのバージョン制限を解消できない時があって、次のようなエラーが出たりする。
% conda install -c bioconda trim-galore Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: unsuccessful attempt using repodata from current_repodata.json, retrying with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: / Found conflicts! Looking for incompatible packages. This can take several minutes. Press CTRL-C to abort. failed UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with the existing python installation in your environment: Specifications: - trim-galore -> python[version='2.7.*|3.5.*|3.6.*|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.10,<3.11.0a0|>=3.9,<3.10.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.5,<3.6.0a0|3.4.*'] Your python: python=3.11 If python is on the left-most side of the chain, that's the version you've asked for. When python appears to the right, that indicates that the thing on the left is somehow not available for the python version you are constrained to. Note that conda will not change your python version to a different minor version unless you explicitly specify that.
その場合、新しい環境を作ってあげると良い。
conda create -n trim-galore -c bioconda trim-galore
新しくtrim-galore環境をインストールしてもそのままでは使えないので、下記のコマンドを実行して環境を切り替える
conda activate trim-galore
もとの環境に戻すなら
conda deactivate