Parabricks

NVIDIAのGPUを使って高速にBWAのマッピングが可能なソフトウェア。

使い方としては、m1024にsshでログインして、作業フォルダとして「work/mapping」で実行するとする場合、まずは

cd /data/$USER/work/mapping

とworkフォルダの中のmappingフォルダに移動する。もしまだBWAのインデックスを作っていないなら

bwa index ref.fasta

としてインデックスを作っておく。(ref.fastaは自分のFASTAファイル名に適宜変更)

その他シーケンスファイルなども、シンボリックリンクではなく、ファイル本体を作業フォルダにコピーもしくはハードリンクを作成しておく。

その後singularity (現apptainer)でGPUを使いながら10倍以上高速なマッピングが可能になります。

#シングルエンドの場合
apptainer exec --nv --bind $PWD:/mnt --pwd /mnt /suikou/download9/singularity-images/clara-parabricks_4.1.0-1.sif pbrun fq2bam --ref ref.fasta --in-se-fq reads.fq.gz --out-bam output.parabricks.bam --no-markdups

#ペアエンドの場合
apptainer exec --nv --bind $PWD:/mnt --pwd /mnt /suikou/download9/singularity-images/clara-parabricks_4.1.0-1.sif pbrun fq2bam --ref ref.fasta --in-fq reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz --out-bam output.parabricks.bam --no-markdups