parabricksの使い方 [講義ノート]

使い方としては、m1024にsshでログインして、

cd /data/$USER/work

とworkフォルダの本体のほうに移動してから、もしまだBWAのインデックスを作っていないなら

bwa index ref.fasta

としてインデックスを作って、下記のようにsingularity (現apptainer)を使ってGPUを使いながらマッピングが可能になります。

apptainer exec --nv --bind $PWD:$PWD --pwd $PWD /suikou/download9/singularity-images/clara-parabricks_4.1.0-1.sif pbrun fq2bam --ref ref.fasta --in-se-fq reads.fq.gz --out-bam output.parabricks.bam --no-markdups

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