**文書の過去の版を表示しています。**

使い方としては、m1024にsshでログインして、 cd /data/$USER/work とworkフォルダの本体のほうに移動してから、もしまだBWAのインデックスを作っていないなら bwa index ref.fasta としてインデックスを作って、下記のようにsingularity (現apptainer)を使ってGPUを使いながらマッピングが可能になります。 apptainer exec –nv –bind $PWD:$PWD –pwd $PWD /suikou/download9/singularity-images/clara-parabricks_4.1.0-1.sif pbrun fq2bam –ref ref.fasta –in-se-fq reads.fq.gz –out-bam output.parabricks.bam –no-markdups