local_blast_server_セットアップ手順 [講義ノート]

Local Blast Serverのデータベースを配置したい場所に移動する

cd /path/to/directory

Local Blast Serverをgit clone＆ビルド。

git clone --recursive https://github.com/hmizobata/local_blast_server3.git
cd local_blast_server3
podman build -t local_blast_server .

移行データがあれば、db/dbnucl,db/dbprotにそれぞれコピーする。例えば以下のように。

scp mizobata.hideaki@m768.s:/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_nucleotide/* db/db_nucl/
scp mizobata.hideaki@m768.s:/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_protein/* db/db_prot/

コンテナの起動

podman run -it -p ${localblastserverに使いたいポート番号}:3000 -p ${sequenceserverに使いたいポート番号}:4567 -v ${PWD}/db:/db -e seqserver_url=${sequenceserverのurl} local_blast_server:latest

例えば以下のような感じ。

podman run -it -p 3000:3000 -p 4567:4567 -v ${PWD}/db:/db -e seqserver_url=http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp:4567/ local_blast_server:latest

※runするとTerminalのそのタブはコマンドを打てなくなるので、ほかのタブで再度サーバーに接続する。

起動中のコンテナの名前を確認

podman ps

CONTAINER ID  IMAGE                                COMMAND               CREATED             STATUS             PORTS                                           NAMES
abbebb63ee2d  localhost/local_blast_server:latest  bash -c bash /loc...  About a minute ago  Up About a minute  0.0.0.0:3000->3000/tcp, 0.0.0.0:4567->4567/tcp  beautiful_grothendieck

自動起動ファイルの作成。先ほど確認したコンテナ名を使う。

podman generate systemd --files --name beautiful_grothendieck

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