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ゲノムブラウザIGVの使い方
- 解析サーバにログインします。
- ターミナルを開いて、
igv.shと入力。 - メニューバーのGenomes→Load Genome From File…から、FASTAファイルをロードします。
- マッピングデータの読み込みは、メニューバーのFile→Load From File…から、BAMファイルをロードします。 ほかにもGTFやVCFもIGVで読み込めます。
- BAMを開いたら、Illuminaペアエンドデータなら、とりあえず右クリックして「View as pairs」をチェックしておくと良い。
その他のTIPsは下記のページ参照。