db開発進捗状況

MitoSearch開発

  • 自動でデータ更新
    • cutadaptは片方のプライマーしか登録していないっぽいので、両方を登録したフローに更新か。
  • Metasearch用に開発した解析フローと現在のMitosearch用の解析フローの比較。将来的にはMetasearch用の解析フローを採用したい。
  • データの日付の範囲を選択できるようにする。
  • inputファイルを日付順でソートして円グラフが日付順になるようにしたい。
  • 日付がjavascriptで認識されないフォーマットになっているデータを弾く。
  • 範囲選択を行うアイコンがiPadなどでは小さく点になってしまうので対応。
  • create_input.shの中のmerged.fasta.maskadaptors.nucl_gb.accession2taxidmerged.fasta.maskadaptors.names.dmpはどうやって作るの?

MetaSearch

  • githubへリポジトリを移行(DBファイルが巨大なので、その制限を調査してから)
  • 300万件に対してスクリプトを実行

その他

  • SequenceServer2への移行
  • FASTAアップロードツールで

http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/kurokouchi/singlenuclei/shiitake-2022hifi/D/Shiitake_D.asm.bp.p_ctg.fasta

をアップロードしようとすると、下記のエラーが出る。

Error: This file is inappropriate for the database.
1.Available extensions are '.fasta, .fa, .fasta.gz, .fa.gz'.
2.'.' is not available for a file name.
  • FASTAアップロード画面でUserの左横ではなくて、右横にテキストボックスを移動させてほしい。
  • 他のdockerインスタンスで稼働させるsequence server2にもFASTAアップロード・編集が出来るようにしたい。
  • db開発進捗状況.1671593217.txt.gz
  • 最終更新: 2022/12/21 03:26
  • by 133.11.50.163