name=sskuro
port=9392
dbpath=/data2/sequenceserver/$name
sudo mkdir $dbpath
docker run -it --name $name -p $port:4567 -v $dbpath:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0
#Ctrl-Cで停止
docker update --restart=always $name
#OS起動時にいつでも起動するように設定して、$port ポートで待ち受け。上の例だと9392
#ルータのポート変換を設定して http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp:9392/ でアクセス可能に。

#blast dbを作るときは、
/suikou/tool/ncbi-blast-2.13.0+/bin/makeblastdb -in test4.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -hash_index
docker restart $name

適当なディレクイトリにBLASTのデータベースファイルを置いておく。/data2/blast/flatworm/db/とか、/data2/fujimura/blastserverとか。

docker run --name brave_minsky -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8

docker stop brave_minsky

で、dockerコンテナを作っておく。

/etc/systemd/system/sequenceserver.serviceを作る。3030番ポートを公開する場合の例。

[Unit]
Description=sequence server
Requires=docker.service
After=syslog.target network.target

[Service]
#ExecStart=/usr/bin/docker run --rm -ti -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8
ExecStart=/usr/bin/docker start -a brave_minsky
ExecStop=/usr/bin/docker stop -t 10 brave_minsky
Restart=always
User=yoshitake.kazutoshi

[Install]
WantedBy=default.target

sudo systemctl start sequenceserver
sudo systemctl enable sequenceserver

192.168.251.1のポート開放設定で、3030を192.168.251.107 (m768)に転送するように設定する。

適当なフォルダに、

/data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11
/data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11.conf

をコピーし、適当にdbフォルダを作って、sequenceserver-1.0.11/config.ruと、sequenceserver-1.0.11.confを編集する。

/etc/httpd/conf/httpd.confに下記を追加する。

Alias /ss-flatworm /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public
<Location /ss-flatworm>
    PassengerBaseURI /ss-flatworm
    PassengerAppRoot /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11
</Location>
<Directory /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public>
    Options -MultiViews
    Require all granted
</Directory>

sudo systemctl restart httpd.service

最新版のsequenceserver2は、rubyのbundleをインストールするあたりで環境を壊してしまったので、バックアップからrubyを復元した。