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Dockerを使う方法
適当なディレクイトリにBLASTのデータベースファイルを置いておく。/data2/blast/flatworm/db/とか、/data2/fujimura/blastserverとか。
docker run --name brave_minsky -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8 docker stop brave_minsky
で、dockerコンテナを作っておく。
/etc/systemd/system/sequenceserver.serviceを作る。3030番ポートを公開する場合の例。
[Unit] Description=sequence server Requires=docker.service After=syslog.target network.target [Service] #ExecStart=/usr/bin/docker run --rm -ti -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8 ExecStart=/usr/bin/docker start -a brave_minsky ExecStop=/usr/bin/docker stop -t 10 brave_minsky Restart=always User=yoshitake.kazutoshi [Install] WantedBy=default.target
sudo systemctl start sequenceserver sudo systemctl enable sequenceserver
192.168.251.1のポート開放設定で、3030を192.168.251.107 (m768)に転送するように設定する。
Apacheに直接追加する場合
適当なフォルダに、
/data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11 /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11.conf
をコピーし、適当にdbフォルダを作って、sequenceserver-1.0.11/config.ruと、sequenceserver-1.0.11.confを編集する。
/etc/httpd/conf/httpd.confに下記を追加する。
Alias /ss-flatworm /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public
<Location /ss-flatworm>
PassengerBaseURI /ss-flatworm
PassengerAppRoot /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11
</Location>
<Directory /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public>
Options -MultiViews
Require all granted
</Directory>
sudo systemctl restart httpd.service
最新版のsequenceserver2は、rubyのbundleをインストールするあたりで環境を壊してしまったので、バックアップからrubyを復元した。