1．まず大前提として検索したい配列が必要になる。配列を入手するには最初はNCBI Nucleotideのページを見ると良い。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/

2．covid 19を検索してみると、次のような結果が得られる。

3．一番上のReference Genomeを開くと詳細な情報が表示される。欲しいのはDNAの配列情報なので、右上の「Send to:」をクリックして、「Complete Record」→「File」→「FASTA」→「Create File」として、FASTAファイルをダウンロードする。（名前はsequence.fastaとなっているはず）

4．CLCの「Standard Import」からダウンロードしたsequence.fastaをインポートする。

5．いろいろなBlastを実行することになると思うけど、一番多いのは、アセンブルした結果のコンティグをデータベースとして、特定の遺伝子の場所、配列を見つけることだと思う。そこで、CLCで「BLAST」→「Create BLAST Database」でまずはデータベースを作成する。

ついでに言うと、BLAST at NCBIは何かNCBIのアップデートが入ったのか、エラーで動かないので、NCBI NT/NRでBLASTしたい場合は素直にNCBIのWEBサイトに行くこと。

6．データベースにしたいアセンブルした結果のコンティグを選択。

7．名前などはそのままでFinish。

8．BLASTを実行するため、BLASTをダブルクリックする。

9．選択する要素は、BLASTのクエリーにしたい配列（例：特定の遺伝子配列など、NCBI Nucleotideでダウンロードした配列）。

10．BLAST databaseには、先ほど作成したデータベースを選択する。

[query]DNA↔[db]DNA間の相同性なら、blastn (DNA vs DNA) or tblastx (翻訳したアミノ酸配列 vs 翻訳したアミノ酸配列)

[query]Protein↔[db]DNA間の相同性なら、tblastn (アミノ酸配列 vs 翻訳したアミノ酸配列）だけど、tblastnはCLCでは選べない。

11．その他のパラメータはとりあえずデフォルトのままNext。極端に短い配列（例えば10塩基など）を検索したい場合は、Word sizeを適当に小さい値に変更してみる。

12．Blastの結果が見られる。

ただ、正直あまり使い勝手は良くない。なので、研究室のサーバにインストールしているローカルBLASTサーバを用いるほうが良さそう。

1．手元にクエリーとなるFASTA配列と、データベースとなるFASTA配列がそれぞれあるとする。CLCからFASTA配列のエクスポートはここを参照。

2．まずはデータベースを作成する。http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/upload_sequenceserver/を開き、データベースとなるFASTAファイルをアップロードする。ファイル名がそのまま登録されるので、ファイル名を例えば「yoshitake_covid19.fasta」などと変更しておくこと。（ちなみに一度登録したファイルの削除昨日はついていない。）

こんな結果になれば登録成功。

3．データを登録したら、http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/sequenceserver/のWEBサイトを開き、クエリーのFASTAファイルの中身をコピペする。

BLASTの結果はこんな感じ。