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AlphaFoldによるアミノ酸配列からタンパク質立体構造予想
アミノ酸が1000アミノ酸以下の比較的小さいタンパク質なら
https://github.com/sokrypton/ColabFold (複合体の予測とかも可能)
などから予測可能。予測された構造の確からしさが色付けされて表示されるのでわかりやすい。ただし、大きいタンパク質になるとエラーになるので、そのときは本家のAlphaFoldをローカルで動かす必要がある。研究室のサーバにインストールしているので、使うときは、研究室サーバ上にアミノ酸のFASTAファイル（1つのタンパク質を1つのファイルにすること）を置いておき、
run-alphafold /path/to/input/protein-sequence.fasta
とすればよい。m64gにsshして実行するので、m64gの空き状況をzabbixなどで見ながら投げること。
予測後
PDBファイルをダウンロードしておいて、
DALI http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/
MADOKA http://madoka.denglab.org/
といった構造のホモロジー検索サイトにアップロードして検索してみると良さそうです。
DALIのほうが期待した結果を返してくれている感じはします。