AccessionIDからTaxonomy Pathへの変換

AccessionID⇒Taxonomy IDへの変換、Taxonomy ID⇒Taxonomy Pathへの変換の2段階で変換を行う。

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/ からnucl_gb.accession2taxid.gz をダウンロード

研究室のサーバを使用する場合は

/suikou/db/ncbi/2021-08-10accession2taxid/nuclgb.accession2taxid.gz

にあるファイルを使用すればよい。

echo $accessionID | awk  -v accessionID=${accessionID}  '{if($1==accessionID){print $0}}' nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3 

nucl_gb.accession2taxid は以下のようなファイル。

1行目がAccessionID、3行目がTaxonomyIDである。awkで1行目が該当AccessionIDと一致する行を取得し、cutコマンドでTaxonomyIDを取得する。

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz からダウンロード

研究室のサーバを使用する場合は、

/suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path

を使用すればよい。

awk -v taxID=$(cat) '{if($1==taxID){print $0}}'  names.dmp.sname.path |cut -f 2

※AccessionID⇒TaxonomyIDの変換スクリプトとパイプでつないでいるものとする。

names.dmp.sname.pathは以下のようなファイル

1行目が該当TaxonomyIDと一致する行を取得し、2行目のTaxonomy PATHを取得する。

実際に使用したスクリプトはこちら。

taxonomyPath=$(echo $accessionID | awk  -v accessionID=${accessionID}  '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3 |awk -v taxID=$(cat) '{if($1==taxID){print $0}}'  /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path |cut -f 2 )