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AccessionIDからTaxonomy Pathへの変換
AccessionID⇒Taxonomy IDへの変換、Taxonomy ID⇒Taxonomy Pathへの変換の2段階で変換を行う。
AccessionID⇒Taxonomy IDへの変換
データのダウンロード
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/ からnucl_gb.accession2taxid.gz をダウンロード
変換
echo $accessionID | awk -v accessionID=${accessionID} '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3