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メタゲノム・eDNA解析 2024
先週の実験で、三四郎池の水や様々な食品からDNAを抽出し、PCR増幅しました。本日は、Oxford Nanoporeという次世代シーケンサーで増幅したPCR産物をシーケンスしたデータを使って解析を行います。
PCR増幅したサンプルリスト
| サンプル | プライマー領域 | 対象生物 | PCR断片長 |
| 三四郎池の水 | ミトコンドリア12S rRNA | 魚 | 200 bp強 |
| 三四郎池の水 | バクテリア16S rRNA | バクテリア | 1,500 bp程度 |
| 発酵食品 | バクテリア16S rRNA | バクテリア | 1,500 bp程度 |
本日のデータ解析のワークフローを以下に示します。
大雑把なデータ解析の流れとしては、 まずシーケンスデータの品質チェックをFastQCというツールを用いて行います。それから、コンピュータにインストールしたBLASTを使って、すべてのシーケンスデータをデータベースと照合させ、各リードがどの種と相同性があるかを調べます。それからMEGANを使ってBLASTのヒットを集計し、各サンプルに含まれていたバクテリアの種類を網羅的に解析します。