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練習問題7
wget http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2018train/sample1.fasta.gz wget http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2018train/sample2.fasta.gz wget http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2018train/sample3.fasta.gz wget http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2018train/sample4.fasta.gz gzip -d sample*.fasta.gz
として練習用のVCFファイルをダウンロードして解凍する。 上記ファイルは抗体可変領域のアンプリコンシーケンスデータである。
3．サンプル1～4のファイルについて配列の出現回数を求め、下記のように統合された出現頻度一覧表を作成せよ。
回答例：
awk -F'\t' '
BEGIN{
ORS="";
}
{
length(ARGV)
if(FILENAME==ARGV[1]){
if(FNR%2==0){
data[1][$0]=data[1][$0]+1;
seq[$0]=1;
}
}
if(FILENAME==ARGV[2]){
if(FNR%2==0){
data[2][$0]=data[2][$0]+1;
seq[$0]=1;
}
}
if(FILENAME==ARGV[3]){
if(FNR%2==0){
data[3][$0]=data[3][$0]+1;
seq[$0]=1;
}
}
if(FILENAME==ARGV[4]){
if(FNR%2==0){
data[4][$0]=data[4][$0]+1;
seq[$0]=1;
}
}
}
END{
print "id\tsample1\tsample2\tsample3\tsample4\n";
for(i in seq){
print i;
for(j=1;j<=4;j=j+1){
print "\t"data[j][i]+0;
}
print "\n";
}
}' sample1.fasta sample2.fasta sample3.fasta sample4.fasta