Local Blast Serverのアップデート

Local Blast Serverの管理ページは、mizobata.hideaki@m768.sで動いている。これを起動・終了するには、root権限が必要。root権限で誤操作をすると甚大な被害を引き起こすので、極めて注意して利用し、操作が終わったらすぐにexitする。

rootに入る

su -

Local Blast Server管理ページのステータスを確認

systemctl status mizobatanpmstart.service

管理ページをストップ

systemctl stop mizobatanpmstart.service

rootから抜ける

exit

これだけでは停止していない場合があるので、ポート3000番で動いているlocalblastserverを止める。

3000番で動いているタスクの確認。PID番号を確認する。

lsof -i:3000

上で確認したPIDを停止する。

kill 2500

管理ページのスクリプトは/home/mizobata.hideaki/localblastserverに入っている。

自動npm startするserviceファイル（/etc/systemd/system/mizobatanpmstart.service）の修正。

rootに入る

su -

サービスファイルの修正

nano /etc/systemd/system/mizobatanpmstart.service

[Unit]
Description=automatic npm start
After=syslog.target network.target

[Service]
Type=simple
ExecStart=/bin/sh -c 'source /home/mizobata.hideaki/.bashrc; /suikou/tool-all/bin/npm start'
WorkingDirectory=/home/mizobata.hideaki/local_blast_server
KillMode=process
Restart=always
User=mizobata.hideaki
Group=suikou

[Install]
WantedBy=multi-user.target

rootから抜ける

exit

新しいsequence serverは/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-dbにある。そこで、localblastserver内のディレクトリ名等を以下のように書き換える。

route/list.js
const dbdna = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-1.0.14/db/db_nucleotide/"; ⇛ const dbdna = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_nucleotide/";
const dbprotein = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-1.0.14/db/db_protein/";　⇛　const dbprotein = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db/db_protein/";
const seqserver = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-1.0.14"; ⇛　const seqserver = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db";
const makeblastdbplace = "/suikou/tool/ncbi-blast-2.6.0+/bin/makeblastdb"; ⇛ const makeblastdbplace = "/suikou/tool/ncbi-blast-2.13.0+/bin/makeblastdb";

route/upload.js
const makeblastdbplace = "/suikou/tool/ncbi-blast-2.6.0+/bin/makeblastdb"; ⇛　const makeblastdbplace = "/suikou/tool/ncbi-blast-2.13.0+/bin/makeblastdb";
const seqserver = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-1.0.14";　⇛　const seqserver = "/data2/sequenceserver/sequenceserver-2.0.0-db";
const dbplace = seqserver + "/db"; ⇛　const dbplace = seqserver;

※upload.jsは、PATH一覧以外にも上の方にアップロード先ディレクトリを指定する場所があるので、そこも変えるように気をつける！！！

試しに起動して挙動を確かめる

npm start

githubに同期する

git add -A
git commit -m "~~~"
git push origin main