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通常フォーマットでのblastn

time blastn -db complete_partial_mitogenomes.fa -query 2021nanopore/mitofishsample.fasta -num_threads 1 -out 2021nanopore/mitofishsample.fasta.blastn

通常フォーマットでのvsearch

time vsearch --usearch_global mitofishsample.fasta --db complete_partial_mitogenomes.udb --id 0.9 --alnout mitofish090

通常フォーマットblastnをmeganに取り込む

vsearchでもmeganに取り込もうとしたが、なかなかうまくいかない。usearchについて調べたところ、usearch_grobalによる検索ではmeganに取り込めないらしい。

usearchlocalでのみ取り込めるが、vsearchにはusearchlocalに相当する機能がない。vsearchはmeganに利用不可か？

32bit版usearch(無料版)をインストールするために、32bitソフトを動作させるためのパッケージを先にインストール

sudo yum install libstdc++.i686

usearchをダウンロード

wget https://www.drive5.com/downloads/usearch11.0.667_i86linux32.gz

解凍

gunzip usearch11.0.667_i86linux32.gz

ファイル名を変更し、簡略化

mv usearch11.0.667_i86linux32  usearch

パスが通っているフォルダの確認（左の方が優先度が高い）

echo $PATH
  /usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/mizobata/.local/bin:/home/mizobata/bin
  

usearchの実行権限を付与

chmod +x usearch

/usr/local/binが最も優先度が高かったため、ここにusearchを入れておけば便利。ここにコピーする。

sudo cp usearch /usr/local/bin

usearchを起動

usearch
  usearch v11.0.667_i86linux32, 4.0Gb RAM (50.3Gb total), 16 cores
  (C) Copyright 2013-18 Robert C. Edgar, all rights reserved.
  https://drive5.com/usearch
  License: personal use only

makeudb(所要時間：64.20秒)

time usearch -makeudb_usearch complete_partial_mitogenomes.fa -output complete_partial_mitogenomes.udb

makeudbを用いず検索（bad databaseとエラーが出るので）

time usearch -search_local 2021nanopore/mitofishsample.fasta -db complete_partial_mitogenomes.fa -evalue 10 -alnout mitofish.aln
|  00:04 738Mb   100.0% Reading complete_partial_mitogenomes.fa
|  00:13 704Mb   100.0% Masking (fastnucleo)
|
|
|  usearch -search_local 2021nanopore/mitofishsample.fasta -db complete_partial_mitogenomes.fa -evalue 10 -alnout mitofish.aln
|
|  ---Fatal error---
|  Must specify -strand plus or both with nt db
|  real time: 0:13.24 (13.24 s)
|  system time: 0.75 s
|  user time:12.48 s
|  max memory: 717016 KB