2021_11_30

通常フォーマットでのblastn

time blastn -db complete_partial_mitogenomes.fa -query 2021nanopore/mitofishsample.fasta -num_threads 1 -out 2021nanopore/mitofishsample.fasta.blastn

通常フォーマットでのvsearch

time vsearch --usearch_global mitofishsample.fasta --db complete_partial_mitogenomes.udb --id 0.9 --alnout mitofish090

通常フォーマットblastnをmeganに取り込む

vsearchでもmeganに取り込もうとしたが、なかなかうまくいかない。usearchについて調べたところ、usearch_grobalによる検索ではmeganに取り込めないらしい。

usearchlocalでのみ取り込めるが、vsearchにはusearchlocalに相当する機能がない。vsearchはmeganに利用不可か?

  • 2021_11_30.1638254766.txt.gz
  • 最終更新: 2021/11/30 06:46
  • by 133.11.222.89