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20211116

「time」コマンドを用いて、コマンド実行にかかる時間、メモリを表示する。↓はメモリ表示の追加コマンド

alias time='/usr/bin/time -f "real time: %E (%e s)\nsystem time: %S s\nuser time:%U s\nmax memory: %M KB"'

SILVAデータベースのダウンロード

 wget https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/current/Exports/SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta.gz
 

学生実験nanoporeデータのダウンロード

　 wget http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/2021jissyu/2021nanopore.zip

nanopore.zipの展開

unzip 2021nanopore

SILVAデータベースの展開

gzip -d SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta.gz

SILVAデータベースのmakeblastdb

makeblastdb -in SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta -dbtype nucl

nanoporeフォルダへの移動

cd 2021nanopore/

fatsqファイルのfastaファイルへの変換

awk 'NR%4==1{print ">"substr($1,2)} NR%4==2{print $0}' group2-16S-Sanshiroike1.fq > group2-16S-Sanshiroike1.fasta

vsearchフォルダへの移動

cd ../

Blast検索

time blastn -db SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta -query 2021nanopore/group2-16S-Sanshiroike1.fasta -num_threads 16 -out 2021nanopore/group2-16S-Sanshiroike1.fasta.blastn

^Creal time: 3:59.38 (239.38 s)
system time: 45.88 s
user time:3402.65 s
max memory: 332916 KB

nanoporeフォルダへの移動

cd 2021nanopore/

group4-16Sデータのfasta変換

awk 'NR%4==1{print ">"substr($1,2)} NR%4==2{print $0}' group4-16S-Sanshiroike2.fq > group4-16S-Sanshiroike2.fasta

Blast検索

time blastn -db SILVA_138.1_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta -query 2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fasta -num_threads 1 -out 2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fasta.blastn

real time: 3:42.29 (222.29 s)
system time: 0.11 s
user time:221.29 s
max memory: 254756 KB