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20211012
MetaSearch修正
以下の修正
①Kronaのグラフ作成のコードの冗長性を排除
metasearch_exec.shの中でのKronaグラフの作成をfor文で回すことで冗長性を排除。
②以下の要望を受けて修正
追加で要望なのですが、今は各サンプルでトップ10のものだけ表示にしてもらっていますが、多様性の高いサンプルだとこれでは半分以上がOthersでまとめられてしまうこともあるので、トップ100まで表示するように変更して頂けますでしょうか？
こちらの仕様を追加するためにcreate_graph.pyを修正。
魚種組成の取得
サーバでのデータの受け取り
req.bodyにデータが格納される。
let capturedSampleList = req.body['capturedSampleList[]']
同期的にファイルを読み込む
同期的にファイルを読み込むには、fs.readFileSyncメソッドを使う。readFileだと非同期的にファイルを読み込むので、読み込み後に行いたい処理を先に行ってしまう。
capturedSampleList.forEach(sample => {
sampleData = fs.readFileSync("inputFiles_with_japanesename/" + sample + ".mitodb.withJapaneseName.input", "utf-8");
sampleList = sampleData.split("\n");
for (let i = 1; i < sampleList.length; i++) {
fishData = sampleList[i].split("\t");
if (fishData[0] in fish_comp) {
fish_comp[fishData[0]] += parseInt(fishData[1]);
} else {
fish_comp[fishData[0]] = parseInt(fishData[1]);
}
};
});
これで魚種組成を取得できる。