20211011

以下のバグを修正

• genus, speciesの円グラフ、棒グラフがXXXX.fq.genus.tsvではなくて、XXXX.fq.txvを元に作られている
• genus, speciesの棒グラフのDB側が ~/metasearch/metasearch/script/db_genus ではなくて、~/metasearch/metasearch/script/db を元に作られている

let capturedSampleList = req.body['capturedSampleList[]']

req.bodyにクライアントから送信したデータが格納されているので、適切なキーを指定して取り出してあげる。

let capturedSampleList = req.body['capturedSampleList[]']

let fish_comp = {};
let sampleList;
let fishData;

console.log("read start");

capturedSampleList.forEach(sample => {
    fs.readFile("inputFiles_with_japanesename/" + sample + ".mitodb.withJapaneseName.input", "utf-8", (err, sampleData) => {
        sampleList = sampleData.split("\n");
        for (let i = 1; i < sampleList.length; i++) {
            fishData = sampleList[i].split("\t");
            if (fishData[0] in fish_comp) {
                fish_comp[fishData[0]] += parseInt(fishData[1]);
            } else {
                fish_comp[fishData[0]] = parseInt(fishData[1]);
            }

        };
        console.log(Object.keys(fish_comp).length);
    });
});

readFileメソッド内では魚種の組成のデータを取得できるが、メソッド外から見ると空のオブジェクトになるので次回はここから。