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20210810
TaxonomyIDから種名への変換
/suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path を使って変換することができる。
AccessionIDからTaxanomyIDへの変換
/suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810nuclgb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid で変換。
https://www.uppmax.uu.se/resurser/databases/ncbi-taxonomy-databases/ からダウンロード＆解凍。
MitoFish DBのBLAST検索結果を生物種に変換
以下のスクリプトで変換できる。
/home/ito.takumi/work/mitosearch/testdata/compare/script/speciesmitodb.sh
ID=$1
for accessionID in `cat /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/mitosearch/create_input/tmp/${ID}/blast.mitodb.filtered.result | cut -f 16|cut -f 2 -d "|"`; do awk -v accessionID=${accessionID} '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3 |awk -v taxID=$(cat) '{if($1==taxID){print $0}}' /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path |cut -f 2 >> /suikou/files/m208/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare/only_nt_hit/${ID}_species_mitodb.txt ; done
cat /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/mitosearch/create_input/tmp/${ID}/blast.mitodb.filtered.result | cut -f 16|cut -f 2 -d "|"
でAccessionIDを取得。
awk -v accessionID=${accessionID} '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3
でAccessionIDをTaxanomyIDに変換。
awk -v taxID=$(cat) '{if($1==taxID){print $0}}' /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path |cut -f 2
でTaxanomyIDから種名に変換。