20210729

• ntデータベースにBLAST検索をかけて作成したInputファイルの上位にオオカミ(Canis lupus),サンショウウオ(Desmognathus folkertsi),クロテン(Martes zibellina),ジャノメドリ(Eurypyga helias)が現れることが多々発生した。
• 可能性として、アダプタープライマーがシーケンスで読まれており、同じアダプターを使用したサンプルはntデータベース上でヒットしている可能性がある。

MiFishの論文(https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsos.150088#d3e799)にあるプライマーの配列とIlluminaのアダプター配列データベースから取得した配列(https://raw.githubusercontent.com/NCBI-Hackathons/OnlineAdapterDatabase/master/datasources/sequencing_adapters.fa)をマージしたFastaファイルからBLASTデータベースを作成し、魚類以外にヒットしたリードをBLAST検索した。

BLASTデータベース作成

  makeblastdb -in adapters.fa -dbtype nucl

魚類以外にヒットしたリードからヒットした配列のみを抽出する方法

1. 魚類以外にヒットしたリードからヒットしたリード名とヒットした場所を調べる。

   cat /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/mitosearch/create_input/tmp/DRR159194/blast.nt.result |grep Canis