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20210728
mitoFishデータベースのInputファイルを作成
・SRR5877065が未終了。Blastが動作しており、書き込みが続いていることを確認。
・リード数がペアエンド間で異なるシーケンスデータに関しては、片側のみを用いるように変更。
nt Blastに必要な時間の計測
・5readのシーケンスデータを用いて、ntデータベースにBlast検索を行う。1readあたりの時間を算出。
以下概算
blast 10:52~11:05 15min/5read
3min/read
シーケンスデータ数 1798 ≒ 1800
1sample辺り 1万リード (1.8 * 10^3) * (1 * 10^4)read * 3min/read = 5.4 * 10^7 min = 54000000 = 5400万 min = 90万 h = 3.75万 日 = (10CPU: 3750日) = (30台:100日)
1sample辺り nリード (1.8 * 10^3) * n read * 3min/read = 5400n min = 90n hour = 3.75n days