こちらのページを参考にした。https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/12/01/103758

ペアエンドリード間の正確なオーバーラップを検出し、それらをつなぎ合わせてリードを拡張するソフトウェアツール（Paired-end read assembly）

Paired-end read assemblyというのは、MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい２００塩基程度だが、HISeqなどで読むと、片側１５０塩基のペアエンドデータが得られるので、パラメータによりますが２０〜３０塩基以上重なる領域があれば、ペアエンドをつなげて一本のシングルエンドにしてしまうこと

以下のコマンドを実行することでPaired-end read assemblyが実行できる。

flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz)

マージされたシーケンスデータは out.extendedFrags.fastq に出力される。

また-dオプションを使用することで出力先のディレクトリを指定できる。

flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/

gz圧縮されたファイルもそのまま使用することができるが、出力はfastq形式(解凍された状態)になる。

-M オプションを使うことでMaxのオーバーラップのサイズ、-m オプションを使うことでMinのオーバーラップのサイズを指定することができる。

MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい200塩基程度、HISeqなどで読むと、片側150塩基のペアエンドデータが得られることからオーバーラップは100塩基程度と想定される。

今回はMinのオーバーラップのサイズはデフォルトの10塩基、Maxのオーバーラップのサイズは300塩基で指定した。

flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/　-M 300

こちらのページを参照https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/19/134451

awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa

変換したFastaファイルをntデータベースとMitoFishデータベースに対してBLAST検索を行う。

ntデータベースは/suikou/db/ncbi/2021-05-24ntv5_formal/nt に存在。(-dbオプションで左のPathを指定すれば良い)

MitoFishデータベースは自分でダウンロードする必要がある。

blastの検索結果から、各リードでトップヒットしたアセッションIDを集計していく。

このアセッションIDに対応する生物種を /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp から取得する。

対応するタクソノミーを /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/nodes.dmp から取得する。

これらの情報を元にInputファイルを作成。

このスクリプトは吉武先生が作成。

getbound()メソッド で取得可能。

var bounds = mymap.getBounds();
var north = bounds._northEast.lat;
var south = bounds._southWest.lat;
var east = bounds._northEast.lng;
var west = bounds._southWest.lng;

moveイベントをonメソッドで取得すればよい。

mymap.on("move", e => {
    イベント発生時に実行したい関数
});

mymap.on("move", e => {
        // console.log("moved");
        var bounds = mymap.getBounds();
        var north = bounds._northEast.lat;
        var south = bounds._southWest.lat;
        var east = bounds._northEast.lng;
        var west = bounds._southWest.lng;

        markerList.forEach(marker => {
            if (south<marker.pos[0] && marker.pos[0]<north){
                if (west<marker.pos[1] && marker.pos[1]<east){
                    console.log(marker.name);
                }
            }
        })
});