こちらのページを参考にした。https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/12/01/103758

ペアエンドリード間の正確なオーバーラップを検出し、それらをつなぎ合わせてリードを拡張するソフトウェアツール（Paired-end read assembly）

Paired-end read assemblyというのは、MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい２００塩基程度だが、HISeqなどで読むと、片側１５０塩基のペアエンドデータが得られるので、パラメータによりますが２０〜３０塩基以上重なる領域があれば、ペアエンドをつなげて一本のシングルエンドにしてしまうこと

以下のコマンドを実行することでPaired-end read assemblyが実行できる。

flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz)

マージされたシーケンスデータは out.extendedFrags.fastq に出力される。

また-dオプションを使用することで出力先のディレクトリを指定できる。

flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/

gz圧縮されたファイルもそのまま使用することができるが、出力はfastq形式(解凍された状態)になる。

-M オプションを使うことでMaxのオーバーラップのサイズ、-m オプションを使うことでMinのオーバーラップのサイズを指定することができる。

MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい200塩基程度、HISeqなどで読むと、片側150塩基のペアエンドデータが得られることからオーバーラップは100塩基程度と想定される。

今回はMinのオーバーラップのサイズはデフォルトの10塩基、Maxのオーバーラップのサイズは300塩基で指定した。

flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/　-M 300