20210506

createGraphモジュールでグラフを表示するHTMLファイルを生成

tmp/Hash値/Hash値/graphs_cor.html と tmp/Hash値/Hash値/graphs_unifrac.htmlが生成される

これをresult.htmlでiframeタグを利用して表示する。

var options = { legend: { textStyle: { fontSize: 8 } } };

https://www.javadrive.jp/python/file/index14.html を参照 globモジュールを利用

import glob
for name in glob.glob('./test/b*'):
  print(name)

以下の出力が得られる

>> ./test\back
>> ./test\book.png
>> ./test\book.txt

list + list

もしくは

list.extend(list)

• 辞書オブジェクトのget()メソッドを使うと、キーが存在しない場合にエラーを発生させずに任意の値（デフォルト値）を取得できる
• 第一引数にキーを指定する。キーが存在する場合は対応する値valueが返り、キーが存在しない場合はNoneが返る。
• None以外の値を返したい場合は、第二引数にキーが存在しない場合に返すデフォルト値を指定する。

• 学生実験用Linuxにssh接続
• KronaイメージをPull 【https://hub.docker.com/r/biocontainers/krona】コマンドはdocker pull biocontainers/krona:v2.7.1_cv1
• SingularityイメージをBuild。
• scpコマンドでm50v251n3サーバに転送

createKronaInputモジュールでインプットファイルを作成

割合→Taxanomyの順でタブ区切りのテキストファイルを作成 (tmp/Hash値/result.kraken)

以下のコマンドでkronaのHTMLファイルを作成

singularity run script/krona_v2.7.1_cv1.sif ktImportText tmp/6b8095748f01bdcdd6bda87af7d3eae5/result.kraken -o tmp/6b8095748f01bdcdd6bda87af7d3eae5/6b8095748f01bdcdd6bda87af7d3eae5/krona_out.html

result.htmlにiframeタグで埋め込み

qsub -e ./qsub_log -o ./qsub_log　<~~>