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20210506
グラフを描画するためのモジュールを作成
createGraphモジュールでグラフを表示するHTMLファイルを生成
tmp/Hash値/Hash値/graphs_cor.html と tmp/Hash値/Hash値/graphs_unifrac.htmlが生成される
これをresult.htmlでiframeタグを利用して表示する。
凡例の文字サイズの変更
var options = { legend: { textStyle: { fontSize: 8 } } };
条件に一致するファイルやディレクトリの一覧を取得する
https://www.javadrive.jp/python/file/index14.html を参照 globモジュールを利用
import glob
for name in glob.glob('./test/b*'):
print(name)
以下の出力が得られる
>> ./test\back >> ./test\book.png >> ./test\book.txt
リストの結合
list + list
もしくは
list.extend(list)
get()メソッドを使ってキーが存在しない場合はデフォルト値を取得
- 辞書オブジェクトのget()メソッドを使うと、キーが存在しない場合にエラーを発生させずに任意の値（デフォルト値）を取得できる
- 第一引数にキーを指定する。キーが存在する場合は対応する値valueが返り、キーが存在しない場合はNoneが返る。
- None以外の値を返したい場合は、第二引数にキーが存在しない場合に返すデフォルト値を指定する。
KronaのSingularityコンテナの作成
- 学生実験用Linuxにssh接続
- KronaイメージをPull 【https://hub.docker.com/r/biocontainers/krona】コマンドは
docker pull biocontainers/krona:v2.7.1cv1'' - SingularityイメージをBuild。 sudo singularity build kronav2.7.1cv1.sif docker-daemon:biocontainers/krona:v2.7.1_cv1