20210422

create_pages.py で全体のページを作る

create_result.py で○○.resultファイルからSRR IDのサンプル情報などをNCBIからパースし、結果表示用のHTMLを作成する。またグラフをiframeタグで埋め込む

• iframeタグの使い方　https://qiita.com/KAORI04525472/items/bad38f491b5450652843

• inframeタグのボーダーを消去する https://www.tagindex.com/html_tag/frame/iframe_frameborder.html

createresult.py から、htmlparse.sh を実行する。NCBIのサイトにcurlコマンドでアクセス→HTMLを取得、Study、Submmited by、Sampleの情報を取得する。またアクセス前にはsleepコマンドで1秒間隔をとっている。

create_graphs.py でGoogle Chart APIを使用したグラフ表示用のHTMLを作成する。

100％積み上げ横棒グラフの作成　https://www.finddevguides.com/Googlecharts-bar-percent

• 描画用インスタンスを作成する時に、BarChartを使用する
• 通常の棒グラフと列と行を反転させることで積み上げグラフになる。
• オプションでisStacked: 'percent' を使用することで100％グラフになる。

searchquerytopHit.sh で吉武先生のスクリプトで生成される○○.tsvのTop10でヒットするバクテリア名などを取得する。

searchparse.shで各SRRのIDに対して、 ${srr_id}.fastq.fasta.ssu.blast.filtered.name.lca.cnt2.input でTop10ヒットするバクテリア名などを取得する。 これら2つに対して、100％積み上げ横棒グラフを作成する 汎用の削除 * オプションでlegend: 'none' を指定 作業のディレクトリは/home/yoshitake/Ito/test/createchartにスクリプトは配置。HTML作成用のテンプレートファイルはtemplates ディレクトリに配置している。

現在はinputファイルである○○.result、○○.tsvはこの作業ディレクトリに配置している（スクリプトもここで動くように記述）