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20210415
GmailのSMTPサーバを利用して、メール送信
https://qiita.com/zaburo/items/a6244d32ce5f5fe2c3d1
これを参考にやればできそう。パスワードの発行などの話があるので吉武先生に確認してから進める。
Google Chart API を使って円グラフを作成
https://developers-dot-devsite-v2-prod.appspot.com/chart/interactive/docs/gallery/piechart.html
<script src=“https://www.gstatic.com/charts/loader.js”></script>でGoogle Chart APIを読み込む- ブラウザ上でグラフを書く関数を作成(以下は関数の中身)
google.charts.load('current', {packages: ['corechart']});：パッケージをロードするgoogle.charts.setOnLoadCallback(drawChart);：コールバック関数の登録- コールバック関数を実装する
var data = new google.visualization.arrayToDataTable([])の引数にリストでHeaderや値を入れていく- オプションはオブジェクトで作成
var chart = new google.visualization.PieChart(document.getElementById('target'));：描画用インスタンスの生成chart.draw(data, options);：描画メソッドの呼び出し
chart.html
<!DOCTYPE html>
<html lang="ja">
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Google Chart</title>
<script src="https://www.gstatic.com/charts/loader.js"></script>
</head>
<body>
<div id="target"></div>
<script>
(function() {
'use strict';
// パッケージのロード
google.charts.load('current', {packages: ['corechart']});
// コールバックの登録
google.charts.setOnLoadCallback(drawChart);
// コールバック関数の実装
function drawChart() {
// データの準備
var data = new google.visualization.arrayToDataTable([
['id', 'match'],
["root;Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Lactobacillales;Lactobacillaceae;Lactobacillus", 7835],
["root;Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Lactobacillales;Streptococcaceae;Streptococcus", 919],
["root;Bacteria", 118],
["root;Bacteria;Firmicutes;Clostridia;Clostridiales;Clostridiales vadinBB60 group;uncultured bacterium", 97],
["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Betaproteobacteriales;Burkholderiaceae;Cupriavidus", 77],
["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Betaproteobacteriales;Burkholderiaceae;Curvibacter;uncultured Curvibacter sp.", 72],
["root;Bacteria;Actinobacteria;Acidimicrobiia;Microtrichales;uncultured", 64],
["root;Bacteria;Bacteroidetes;Bacteroidia;Bacteroidales;Muribaculaceae", 63],
["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Pseudomonadales;Pseudomonadaceae", 61],
["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Pseudomonadales;Moraxellaceae;Acinetobacter", 47],
]);
// オプションの準備
var options = {
title: 'Top 10 hit',
width: 500,
height: 300
};
// 描画用インスタンスの生成および描画メソッドの呼び出し
var chart = new google.visualization.PieChart(document.getElementById('target'));
chart.draw(data, options);
}
})();
</script>
</body>
</html>
作成されたグラフ
グラフを表示するHTMLファイルの作成スクリプト
create_graphs.py
def create_graph(result_f_name):
#引数:ファイルを取得
result_f_name_header = result_f_name.replace(".result","").replace(".gz","")
result_f = open(result_f_name)
#templateファイルの中身を取得
header_template = open("templates/graph_header.html")
footer_template = open("templates/graph_footer.html")
html_header = header_template.read()
html_footer = footer_template.read()
rows_list = result_f.readlines()
for row in rows_list:
#各行からIDだけを取得
srr_id = row.split()[0]
srr_id = srr_id.replace(".fastq","")
#srrIDにヒットするもののトップ10を取得する
cmd = ["bash", "search_topHit.sh", srr_id]
res = subprocess.check_output(cmd).decode().split("\n")
print(res)
header_template.close()
footer_template.close()
python3環境だけを実現するコンテナの実装
- centos/python-38-centos7のDockerイメージをsingularityイメージファイルに変換(学生実験用サーバ)
- m50v251n3の/home/yoshitake/Ito/test/python3env.sifとして転送 * 以後はスクリプトなどはコンテナ内に含めずPythonの実行環境のみSingularityコンテナを使用。毎回Dockerコンテナにファイルをコピーするのは大変なので！ * 以下のように利用。
/home/yoshitake/tool/singularity-3.5.2/bin/singularity exec –bind /home/yoshitake/yoshitake/db/:/home/yoshitake/yoshitake/db/ –bind $PWD:$PWD -W $PWD ~/Ito/test/python3env.sif python createpages.py 1037294fa7c2752b72507c9ff46c9c58.gz.result===== 次回やること ===== * グラフ表示HTMLファイル生成スクリプトの続き * scriptexec.shをpythonの実行環境のみSingularityコンテナを利用するように変更 - Yahooメール作成、Yahooのメールサーバから送信https://maywork.net/computer/python-yahoo-send-mail/