20210409

• サーバ側ではreq.body.filenameでクライアントから送られて来たファイル名を取得できる。
• ファイル名から拡張子を取得するgetExt 関数を作成
• getExt関数の出力結果に応じて、サーバーに保存するファイルの拡張子を振り分け

var original_filename = req.body.filename;

if (getExt(original_filename) == "gz") {
      newfilename = "tmp/" + hash + ".gz";
} else {
      newfilename = "tmp/" + hash;
}

function getExt(filename) {
  var pos = filename.lastIndexOf(".");
  if (pos === -1) return "";
  return filename.slice(pos + 1);
}

• tmp/に生成されたHTMLファイルをpublic/htmlディレクトリに配置する
• https://meta.fs.a.u-tokyo.ac.jp/metasearch_dev/html/(Hash値).htmlでアクセス可能

execSync("cp " + newfilename + ".html public/html");

• 同期的に処理を実行するためにm50v251n3サーバの/home/yoshitake/Ito/singularity/script_exec.shに一連の処理をまとめた。

/home/yoshitake/Ito/singularity/script_exec.sh

#!/bin/bash
newfilename=$1
/home/yoshitake/yoshitake/run-silva-cor.sh $newfilename
/home/yoshitake/tool/singularity-3.5.2/bin/singularity exec --bind tmp/:/home/tmp/ /home/yoshitake/Ito/singularity/srr_parse_ver2.sif  python /home/script/srr_parse.py /home/${newfilename}.result
/usr/bin/cp $newfilename.html public/html

• 実行権限を付与chomod u+x script_exec.sh
• qsubでこのスクリプトを実行するコマンドを投げる

index.js

execSync("qsub -cwd -pe def_slot 4 -j y -N 'metasearch' /home/yoshitake/Ito/singularity/script_exec.sh " + newfilename);

• こちらのURLを参考https://qiita.com/shuntaro_tamura/items/40a7d9b4400f31ec0923
• gmail、g.ecc.u-tokyo.ac.jpには送信可能
• echo “test” |mail -s “test” -r suikoucalender@gmail.com ito-takumi496@g.ecc.u-tokyo.ac.jp

• メール送信（suikoucalenderで送信を許可(SMTP-AUTH?)、Reply toをメーリングリストにする）
• SRRのIDに対応するファイルをDBから調べて、グラフを作成