seqkitを用いた文字出現割合の集計

fastaファイルの配列にどの文字がどれくらいの割合で出現するかカウントするとき、ここでもseqkitが使える。

cat <(echo -e Name\\tAla\\tArg\\tAsn\\tAsp\\tCys\\tGln\\tGlu\\tGly\\tHis\\tIle\\tLeu\\tLys\\tMet\\tPhe\\tPro\\tSer\\tThr\\tTrp\\tTyr\\tVal\\tunknown\\tTerminal) <(cat mitCDSSeqFrameProt.fa | sed -e 's/ /_/g' | seqkit fx2tab -nB A,R,N,D,C,Q,E,G,H,I,L,K,M,F,P,S,T,W,Y,V,X,"*") > aminoContentEachGene.txt

ここではミトコンドリアCDSのアミノ酸配列に対し各残基が出現する割合をseqkitのfx2tabにより求めている。