m24などの適当なサーバにログインする

su - suikou

(pass: suikou)

ssh -l kyoshita slogin.hgc.jp

これで東大医科研のスパコンにログイン出来る。

ログインしたら、まずは

qlogin

を入力して、

それから解析したいコマンドが例えば手元のPCで行う場合に、

blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4

とかの場合、スパコンでは

qsub ~/qsubsh4 “blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4”

とするとグリッドエンジンにジョブを投げてくれます。

自分自身のスパコンアカウントを使用したい場合、新たに鍵認証登録を行う必要がある。

まずm48などの適当なサーバーにログインし、

ssh-keygen -f ~/.ssh/id_rsa_hgc #すでにsuikouサーバーへの認証設定をしている場合id_rsaが重複するので、-fオプションでファイル名を新たに指定する。
cat ~/.ssh/id_rsa_hgc.pub
ssh-rsa tADNJEKdsmkldgnlksnglkLKFklfklgklseignlkm;agioee-fp@@@ojgk kijima.yusuke@m48 #こんなかんじのファイルができる

表示したid_rsa_hgc.pubの中身をコピーしてhttps://keykey.hgc.jp/の窓に貼り付けて保存。

数分待つとログインが可能になり、次のコマンドでログインできる。

ssh -l ユーザー名 slogin.hgc.jp -i ~/.ssh/id_rsa_hgc

なお、自分側のPC(ここではsuikouサーバーのm48)で~/.ssh/configをvim等で開き、以下を記入。

Host spakon.hgc #好きなアクセス名を書く
Hostname slogin.hgc.jp 
User ha5656 #スパコンのユーザー名
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_hgc

これで

ssh spakon.hgc

でm48からスパコンにアクセスできるようになる。

suikou ユーザで解析サーバにログインして、

scp file.fastq kyoshita@slogin.hgc.jp:~/

ディレクトリごと転送する場合は

scp -r dir kyoshita@slogin.hgc.jp:~/

とすればよい。