m24などの適当なサーバにログインする

su - suikou

(pass: suikou)

ssh -l kyoshita slogin.hgc.jp

これで東大医科研のスパコンにログイン出来る。

ログインしたら、まずは

qlogin

を入力して、

それから解析したいコマンドが例えば手元のPCで行う場合に、

blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4

とかの場合、スパコンでは

qsub ~/qsubsh4 “blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4”

とするとグリッドエンジンにジョブを投げてくれます。

自分自身のスパコンアカウントを使用したい場合、新たに鍵認証登録を行う必要がある。

まずm48などの適当なサーバーにログインし、

ssh-keygen -f ~/.ssh/id_rsa_hgc #すでにsuikouサーバーへの認証設定をしている場合id_rsaが重複するので、-fオプションでファイル名を新たに指定する。
cat ~/.ssh/id_rsa_hgc.pub
ssh-rsa tADNJEKdsmkldgnlksnglkLKFklfklgklseignlkm;agioee-fp@@@ojgk kijima.yusuke@m48 #こんなかんじのファイルができる

表示したidrsahgc.pubの中身をコピーして

suikou ユーザで解析サーバにログインして、

scp file.fastq kyoshita@slogin.hgc.jp:~/

ディレクトリごと転送する場合は

scp -r dir kyoshita@slogin.hgc.jp:~/

とすればよい。