スパコン利用方法

m24などの適当なサーバにログインする

su - suikou

(pass: suikou)

ssh -l kyoshita slogin.hgc.jp

これで東大医科研のスパコンにログイン出来る。

ログインしたら、まずは

qlogin

を入力して、

それから解析したいコマンドが例えば手元のPCで行う場合に、

blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4

とかの場合、スパコンでは

qsub ~/qsubsh4 “blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4”

とするとグリッドエンジンにジョブを投げてくれます。