サーバ新規追加時の手順

日本語を選択 (LANG=ja_JP.UTF-8にするためで、英語にすると、LANG=en_US.UTF-8となり、sortなどのプログラムの挙動が変わってしまうので日本語に揃える）

ソフトウェアの選択→GNOME Desktop

パーティションの設定→手動にして、/を大きくとるように設定

KDUMP無効

ネットワーク→ONにして設定の全般で自動的に接続するにチェック→ホスト名をm384などとつける

ネットワークのIPアドレスを下記のように固定で設定する。

方式：手動
アドレス（追加）
アドレス：（例）192.168.251.120
ネットマスク：24
ゲートウェイ：192.168.251.1
DNSサーバ：192.168.251.201
ドメインを検索：s

rootパスワード:suikou

最初のユーザとして、とりあえずyoshitakeなどと作っておき、管理者権限を付与する。

サーバのipアドレスとホスト名の対応表にサーバの名前を追加しておくこと。

サーバの名前でアクセスできるようにするために、内部dns登録のページに従って登録する。

アカウント：セットアップ時に登録した管理者ユーザ(例：yoshitake)でログインする。

sudo su

uid=600
id=suikou
pass=suikou
groupadd -g $uid $id
sudo useradd -u $uid -g $id -d /home/$id -s /bin/bash $id
echo -e "$pass\n$pass"|passwd $id
gpasswd -a $id wheel
sed -i 's/^%wheel\tALL=(ALL)\tALL/%wheel\tALL=(ALL)\tNOPASSWD: ALL/' /etc/sudoers

#echo "search s" >> /etc/resolv.conf -> OSインストール時に設定 もしくは nmtuiで
#scp m24.s:/etc/hosts /etc/hosts
#sudo yum -y install nfs-utils #まだNFSをインストールしていない場合

mkdir /suikou
mkdir /suikou/tool /suikou/tool-all /suikou/db /suikou/download /suikou/files

echo '
m32s.s:/m2/home     /home            nfs exec,dev,suid,rw,bg,hard,intr
m32s.s:/m2/root     /root            nfs exec,dev,suid,rw,bg,hard,intr
m32s.s:/m2/tool     /suikou/tool     nfs exec,dev,suid,rw,bg,hard,intr
m32s.s:/m2/tool-all /suikou/tool-all nfs exec,dev,suid,rw,bg,hard,intr
m32s.s:/m2/db       /suikou/db       nfs exec,dev,suid,rw,bg,hard,intr
m32s.s:/m2/download /suikou/download nfs exec,dev,suid,rw,bg,hard,intr
' >> /etc/fstab
mount -a

setenforce 0
sed -i 's/SELINUX=enforcing/SELINUX=disabled/' /etc/selinux/config

systemctl stop firewalld.service
systemctl disable firewalld.service

#rpm -ivh http://repo.zabbix.com/zabbix/3.2/rhel/7/x86_64/zabbix-agent-3.2.4-2.el7.x86_64.rpm
rpm -ivh /suikou/download/zabbix-agent-3.2.4-2.el7.x86_64.rpm
sed -i 's/Server=127.0.0.1/Server=192.168.251.202/; s/ServerActive=127.0.0.1/ServerActive=192.168.251.202/' /etc/zabbix/zabbix_agentd.conf

#sudo yum install sysstat #もしもiostatがインストールされていない場合

echo "
Timeout=30

UserParameter=hdd.rmbyte[*],iostat -mdx 1 2 | grep \$1 | awk '{print \$\$6}'|tail -n 1
UserParameter=hdd.wmbyte[*],iostat -mdx 1 2 | grep \$1 | awk '{print \$\$7}'|tail -n 1
UserParameter=toppro,top -b -n 1 | sed -e \"1,6d\" | head -6|awk '{print \$2\" \"\$9\" \"\$10\" \"\$12}'
" >> /etc/zabbix/zabbix_agentd.conf

systemctl start zabbix-agent
systemctl enable zabbix-agent

ssh suikouvm.s
zabbix_get -s m64 -k agent.version
#3.2.4と表示されたら成功

http://suikouvm.s/zabbix にアクセスし、(Adminでログイン(pw: suikou))

設定→ホスト→ホストの作成　をクリックし、

新規サーバの

ホスト名
グループ(Linux serversを選択し、左矢印をクリック)
エージェントのインターフェイス　IPアドレス

を設定する。まだ「追加」はクリックせずに、「テンプレート」タブを開き、「新規テンプレートをリンク」のところで、

選択をクリックし、「Template OS Linux」を選択する。
真ん中の追加をクリック
一番下の追加をクリック

それから、監視データ→スクリーン→スクリーンの変更ページを開いて、適宜グラフ、シンプルグラフを追加する。

#yum -y groupinstall "GNOME Desktop" #minimumでインストールした場合
yum -y groupinstall "Development Tools" #--setopt=group_package_types=mandatory,default,optional をつける必要があるかも
yum -y install libX11-devel libXt-devel libXext-devel
yum -y install epel-release
yum install -y libunwind libicu libgdiplus
yum install -y squashfs-tools #for singularity

yum -y install ntfs-3g
yum -y localinstall /suikou/download/exfat-utils-1.2.7-1.el6.x86_64.rpm
yum -y localinstall /suikou/download/fuse-exfat-1.2.7-1.el6.x86_64.rpm

#sudo yum -y install nfs-utils #まだNFSをインストールしていない場合

mkdir /data
echo '/data 192.168.0.0/16(rw,insecure,no_subtree_check,async,no_root_squash)' >> /etc/exports
exportfs -ra

sudo systemctl restart rpcbind
sudo systemctl restart nfs-server

sudo systemctl enable rpcbind nfs-server

nano /root/auto.suikou.files

他のサーバの記述を参考に、新規サーバを追加

yum -y install xrdp
systemctl start xrdp 
systemctl enable xrdp
yum -y groupinstall xfce

sed -i 's/max_bpp=32/max_bpp=24/' /etc/xrdp/xrdp.ini

yum -y install httpd
yum -y localinstall /suikou/download/rstudio-server-rhel-1.1.383-x86_64.rpm

echo "rsession-which-r=/suikou/tool/R-3.4.2/bin/R" >> /etc/rstudio/rserver.conf
echo "ProxyPass /rstudio/ http://localhost:8787/
ProxyPassReverse /rstudio/ http://localhost:8787/
RedirectMatch permanent ^/rstudio$ /rstudio/" >> /etc/httpd/conf/httpd.conf

systemctl start httpd
systemctl enable httpd
systemctl enable rstudio-server.service
sed -i 's%[[]Service]$%[Service]\nEnvironment="LD_LIBRARY_PATH=/suikou/tool-all/lib64:/suikou/tool-all/lib"\nEnvironment="PATH=/suikou/tool/miniconda2/bin:/suikou/tool-all/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin"\nEnvironment="LDFLAGS=-L/suikou/tool-all/lib"\nEnvironment="CFLAGS=-I/suikou/tool-all/include"\nEnvironment="CXXFLAGS=-I/suikou/tool-all/include"\nEnvironment="CPPFLAGS=-I/suikou/tool-all/include"\nEnvironment="PKG_CONFIG_PATH=/suikou/tool-all/lib/pkgconfig"%' /etc/systemd/system/rstudio-server.service
systemctl start rstudio-server.service

#sudo yum -y install autofs #まだautofsをインストールしていない場合

sed -i 's/^+auto.master$/#+auto.master/' /etc/auto.master
echo "/suikou/files   /etc/auto.suikou.files   --timeout=0" >> /etc/auto.master
scp m24.s:/root/auto.suikou.files /etc/auto.suikou.files

sudo systemctl start autofs
sudo systemctl enable autofs

cd /root
./run-setup-user-linux.sh

ssh m24.s

source /suikou/tool/bashrc.sh
nano /etc/hosts #新しいサーバのアドレスと名前を書く必要あり
qconf -as (新しいサーバの名前)
qconf -ah (新しいサーバの名前)
exit

cd /suikou/tool/ge6.2u6
hostip=`ip addr|grep 192.168.251|sed 's/.*inet //; s/\/.*//'`
hostnm=`hostname`
echo "192.168.251.101 m24
$hostip $hostnm" >> /etc/hosts
./install_execd
質問はすべてEnterで良い

source /suikou/tool/ge6.2u6/default/common/settings.sh
qconf -rattr exechost complex_values mem_req=`free -g|grep "^Mem:"|awk '{print $2}'`G `hostname`

echo '* soft nofile 65536
* hard nofile 65536' >> /etc/security/limits.conf

suikouvmにログインして、下記の設定を行う。ただし共有フォルダの接続をリセットしてしまうため、共有フォルダ利用者がいないか、zabbix等で確認すること。

ssh -l root suikouvm.s #password: suikou
scp m24.s:/root/auto.suikou.files /etc/auto.suikou.files
systemctl restart autofs
ls /home/user1/files/
#samba共有へ追加(例としてm64gを追加する場合)
ln -s /suikou/files/m64g /samba/share
exit

解析ノード全体で/dataフォルダを共有するため、下記のコマンドを実行する。共有フォルダの接続をリセットしてしまうため、ほかのユーザがサーバを使用していないか確認すること。(下記のコマンドはrootユーザではなく、suikouユーザなど管理者権限のある管理者ユーザを使用すること。sshの公開鍵を登録していれば、どの解析サーバで下記コマンドを実行しても良いが、不明な場合はm768.sから実行するのが良い。)

for i in `qhost|tail -n+4|cut -f 1 -d " "`; do echo $i; ssh $i sudo /root/run-setup-add-nfs.sh; done

suikougwの、/suikou/files以下のNFSの設定変更もやっておく。

ssh suikougw #suikougwはrootでのsshログインを不可にしてあるので、一般ユーザでログインすること
su - #パスワードはsuikou
scp m24.s:/root/auto.suikou.files /etc/auto.suikou.files
systemctl restart autofs

サーバスペック

サーバのipアドレスとホスト名の対応表

メンバー追加時の手順ページのサーバ名を追加して、実行する。

sudo su -

scp m24.s:/root/run-setup-package.sh .
bash run-setup-package.sh

#sudo yum -y install autofs #まだautofsをインストールしていない場合

# 以下新規にNFSを提供せず使用するのみなら、bash /root/run-setup-share-use-only.sh で可。
sed -i 's/^+auto.master$/#+auto.master/' /etc/auto.master
echo "/suikou/files   /etc/auto.suikou.files   --timeout=0" >> /etc/auto.master

nano /root/auto.suikou.files #新規サーバを共有する場合は編集する

cp /root/auto.suikou.files /etc/auto.suikou.files

sudo systemctl start autofs
sudo systemctl enable autofs

cd /root
./run-setup-user-linux.sh #ユーザ追加と各ユーザの共有フォルダのシンボリックリンクを作成する

su - suikou
ssh m768
source /suikou/tool/ge6.2u6/default/common/settings.sh
for i in `qhost|tail -n+4|grep -v " - "|cut -f 1 -d " "`; do echo $i; ssh $i sudo cp /root/auto.suikou.files /etc/auto.suikou.files; ssh $i sudo systemctl restart autofs; done

#suikouvm
ssh -l root suikouvm.s #password: suikou
cp /root/auto.suikou.files /etc/auto.suikou.files
systemctl restart autofs
ls /home/user1/files/
#samba共有へ追加(例としてm64gを追加する場合)
ln -s /suikou/files/m64g /samba/share
exit

#suikougw
ssh -l root suikougw.s
scp m32s.s:/root/auto.suikou.files /etc/auto.suikou.files
scp m32s.s:/root/auto.suikou.files /root/auto.suikou.files
sudo systemctl restart autofs
./run-setup-user-gw.sh
exit

ssh m24.s

source /suikou/tool/bashrc.sh
nano /etc/hosts #新しいサーバのアドレスと名前を書く必要あり
qconf -as (新しいサーバの名前)
qconf -ah (新しいサーバの名前)
exit

scp m24.s:/etc/hosts /etc/hosts

cd /suikou/tool/ge6.2u6
./install_execd
質問はすべてEnterで良い

source /suikou/tool/ge6.2u6/default/common/settings.sh
qconf -rattr exechost complex_values mem_req=`free -g|grep "^Mem:"|awk '{print $2}'`G `hostname`

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サーバ新規追加時の手順

CentOS7 DVDからsetup

DNS登録

セットアップ後にまずやること

最初に管理者userをID指定して作成

設定ファイルコピー

SE Linux無効化設定

Firewall無効化設定

zabbixインストール

zabbixサーバから確認(おまけ)

zabbix管理ページへの登録

gcc install等

外付けUSBマウント関係

NFS設定

サーバのフォルダを他からも見えるように登録の準備

XRDPインストール

RStudio Serverインストール

autofs設定

ラボメンバー全員のアカウント登録

Grid Engine 参加設定

ファイルオープン数上限緩和

共有フォルダ周りの設定

サーバスペックを更新

サーバのipアドレスとホスト名の対応表を更新

メンバー追加時の手順を実行する

簡略化インストール

共有フォルダ

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講義ノート

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